เอน ซีรีส์ แวกอน รุ่นที่ 2 ของแวกอนทรงสูงขนาดเล็ก แบบมีนีแวนฮอนดา เอน-แวกอน (HONDA N-WGN) ออกมาเมื่อปี 2013 ในฐานะกระสุนนัดที่ 3 หรือโมเดลลำดับที่ 3 ของ เอน-ซีรีส์ (N-SERIES) ที่เริ่มเปิดตัวด้วย เอน-บอกซ์ (N-BOX) รวมทั้ง เอน-บอกซ์ พลัส (N-BOX+) ซึ่งวางจำหน่ายเมื่อเดือนพฤศจิกายน ปี 2011 มันเป็นแวกอนทรงสูงขนาดเล็ก แบบมีนีแวน ในมาตรฐานของรถยนต์ขนาดเล็กที่มีการเตรียมสมรรถนะพื้นฐานไว้ให้ในระดับสูง โดยมุ่งทำ “พื้นฐานใหม่” ของรถยนต์ขนาดเล็กตามคอนเซพท์ของ เอน-ซีรีส์ ฮอนดา เปิดตัว เอน-ซีรีส์ รุ่นใหม่ เริ่มจาก เอน-บอกซ์ เมื่อปี 2017 จากนั้นในปี 2018 ก็วางจำหน่าย เอน-แวน (N-VAN) รุ่นใหม่ ส่วน เอน-แวกอน นี้ออกมาเป็นโมเดลลำดับที่ 3 ของ เอน-ซีรีส์ ภายใต้คอนเซพท์ใหม่ “N FOR LIFE” ฮอนดา เอน-แวกอน/เอน-แวกอน คัสตอม (N-WGN/N-WGN CUSTOM) รุ่นที่ 2 ได้มีการออกแบบให้เหมาะกับผู้ใช้รถเป็นประจำกับการไปเรียน ทำงาน หรือซื้อของ โดยเพิ่มความปลอดภัย และความสะดวกในการใช้งาน เอน-แวกอน ไฟหน้าทรงกลม ส่วน เอน-แวกอน คัสตอม เป็นเหลี่ยมมุม เพื่อให้ดูมีพลังและทันสมัยขึ้นด้วย และมีสีสันไว้ให้อย่างมากถึง 13 สี สำหรับ เอน-แวกอน และ 11 สี สำหรับ เอน-แวกอน คัสตอม ส่วนการตกแต่งภายใน ได้รับการออกแบบโดยคำนึงถึงความสบายของผู้นั่งรถเป็นอันดับแรก ทั้งนี้ ตรงที่นั่งคนขับมีการติดตั้งระบบพวงมาลัยแบบปรับเลื่อนระยะไกล/ใกล้ และความลาดเอียง (TELESCOPIC & TILT STEERING) ได้ ให้เป็นอุปกรณ์มาตรฐาน ซึ่งเป็นครั้งแรกในรถยนต์ขนาดเล็กของ ฮอนดา และสามารถปรับตำแหน่งเลื่อนหน้า/หลัง ขึ้น/ลง ที่นั่งคนขับจึงสามารถปรับความสูงได้ด้วย เพิ่มขึ้นจากการเลื่อนตำแหน่งไปด้านหน้า/หลัง ห้องบรรทุกสัมภาระออกแบบให้ใช้งานได้สะดวก โดยทำพื้นให้ต่ำ และมีความกว้างที่สามารถบรรทุกสัมภาระได้ 2 ชั้น และยังสามารถปรับพื้นที่ให้เข้ากับการใช้งาน ในการบรรทุกสัมภาระที่สูงและยาว เป็นต้น เครื่องยนต์เบนซิน รหัส S07A เหมือนกับของ เอน-บอกซ์/เอน-วัน ส่วนเกียร์ซีวีที ก็ได้ถูกทำให้มีน้ำหนักเบา และมีประสิทธิภาพมากกว่ารุ่นก่อน บรรจุระบบสนับสนุนการขับขี่ที่ปลอดภัยแบบล้ำยุค “HONDA SENSING” ให้เป็นอุปกรณ์มาตรฐาน และบรรจุ ACC (ADAPTIVE CRUISE CONTROL) พร้อมฟังค์ชันติดตามการจราจรติดขัด ให้เป็นครั้งแรกในรถยนต์ขนาดเล็กของ ฮอนดา ด้วย ยิ่งกว่านั้น การติดตั้งระบบช่วยในการถอยรถเข้าจอดให้เป็นอุปกรณ์มาตรฐาน เป็นครั้งแรกในรถยนต์ขนาดเล็กของ ฮอนดา ระบบรักษาความปลอดภัยอื่นๆ เช่น เบรคลดการปะทะ (CMBS) ฟังค์ชันควบคุมการออกรถผิดพลาด พวงมาลัยที่ช่วยลดอุบัติเหตุกับคนเดินเท้า ฟังค์ชันแจ้งการออกตัวของรถคันหน้า ฟังค์ชันรับรู้ป้ายจราจร ฟังค์ชันควบคุมการเบี่ยงออกนอกทาง ระบบช่วยรักษาช่องทางเดินรถ ฟังค์ชันควบคุมการถอยหลังผิดพลาด และระบบเปิด/ปิดไฟหน้าอัตโนมัติ